Viện Y dược học dân tộc là đơn vị phụ trách đầu ngành khám bệnh, chữa bệnh bằng y, dược cổ truyền của 19 tỉnh, thành miền Nam (trong đó có thành phố Hồ Chí Minh) và 05 tỉnh Tây Nguyên theo quyết định số 4026/QĐ-BYT ngày 20/10/2010 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc ban hành quy định phân công công tác chỉ đạo tuyến trong lĩnh vực khám, chữa bệnh.